Расскажу про свой опыт восстановления:
В практике было несколько случаев именно со сбоем файловой системы. А чтобы было удаление "именно" загрузочной записи без затрагивания раздела с данными, такого не припомню. Все случаи носили характер кривой настройки.
Установка нескольких ОС на один раздел, удаление загрузочных записей в файлах, перезапись загрузочных файлов и т.д. Чиниться сугубо программными решениями, благо это дело хорошо автоматизировано. Могу посоветовать:
Для Win - можно начать с сhkdsk, потом можно посмотреть в сторону утилиты testdisk. Это все в терминале.
Для Linux - fsck и e2fsck