En L2:
STP para permitir controles de loop en la red interna.
Muchos usan STP en redes Metro (MAN), pero no lo recomiendo. Prefiero el uso de ERPS en casos que permiten y que evolucionan a MPLS cuando ERPS ya no es suficiente.
En L3:
OSPF para simplicidad y eficiencia en la red interna.
BGP cuando se comunica con redes externas, si tiene ASN, ya que es el único utilizado para Internet.
Para HCIA necesita STP y OSPF bien entendido, ya que hay muchas preguntas sobre los dos.